TRANSPATH

产品详情

TRNASPATH是关于哺乳动物信号转导和代谢通路的数据库,是创建很早的通路数据库之一,至今已收录458,000多条人工总结的反应。TRNASPATH数据库内容可用于geneXplain平台的通路分析。

TRANSPATH数据库关于分子通路的反应层级

TRANSPATH根据多种反应层级,收集基因、分子和反应的信息,数据库精细复杂的结构造就了它是优质的概念化科学通路资源之一,适合多种用途。专家从所有开放资源与商业资源的大量通路数据资料中人工提取、总结信息,进一步完善TRANSPATH数据库内容。

每个反应采用严格的机制方式,记录了所有实验细节,包括参与发表的实验反应的所有物质与每个分子的分类来源(分子证据水平);积累指定通路每个步骤的所有证据,提供更全面的、更完整的通路图(通路步骤水平);上图展示一个语义图示,仅关注主要物质,忽略机制细节和冗余的小分子(语义投射)。

完整的网络和通路由分子及其之间的反应构成,考虑到原始文献中信息的不均匀性,TRANSPATH数据库采用信息可溯源原则,但是精确区分蛋白分子是根据:
1.在一个基因组中的关联性
明确检索蛋白信息,根据:
1.1指定每个蛋白
1.2指定基因的所有产物(异构体)
1.3不同蛋白家族之间的关系(例如,旁系同源)


2.在不同基因组之间的关联性(直系同源)


3.蛋白之间的相关性和修饰状态
3.1指定蛋白复合物及其精确组成
3.2指定蛋白翻译后修饰的确切位置

在geneXplain平台查看转化生长因子β(TGFbeta)网络,数据来自TRANSPATH数据库。


主要特征
1.专家人工总结、归纳哺乳动物(大部分数据关于人类、小鼠和大鼠)信号或代谢通路涉及的298,000多个分子与80,000多个基因信息
2.1720个实验验证的通路和作用路径
3.评估了60,000多个同行评审的科学文献
4.专家从原始文献提取并评估了489,000多个反应
5.人工注释、质控98,000多个转录因子与位点相互作用
6.在geneXplain平台使用,用户可以自定义通路和网络图示


优势
1.快速获得信号传导和代谢通路组分与反应信息,不需要进行耗时又繁琐的文献检索。
2.建立自定义调控和代谢网络
3.预测感兴趣基因参与的可能性通路
4.使用geneXplain平台高级网络视图技术(基于TRANSPATH数据)

在geneXplain平台,使用TRANSPATH数据库进行通路分析、查看网络图示


2018年更新(点击进入

点击数:5639 录入时间:2020-01-20 11:31:16【打印此页】【返回

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